上海公司注冊還具有保障注冊公司自身交易安全的功能。綜合注冊上海公司制度的全部內容，對于注冊申請人而言，同時具有雙重意義。一方面，公司被科以注冊申報的義務，通過這一義務的行，以保障相對人的交易安全；另一方面，通過法定注冊程定公司的法人主體資格及營業能力范圍，確定其各凍種權利如公司名稱專用權），對注冊的公司而言，也是其存在及展開經營行為的合法根據，在某些情齜卜遜是具對抗他人以求免責的依據。因此，上海代理公司注冊對注冊的公司也是一種保護，在客觀上具有保障注冊公司自身在交易中的合法權益的功能。
上海公司注冊之保障交易相對人交易安全的功能是依托上海公司注冊的公司商業信息公共服務功能和公司市場準人及異動監控功能實現的。通過公司商業信息公共服務功能，可以較好地解決市短缺和不對稱的問題；通過公司市場準人和異動監控功能，可以有效地控制公司主體設立的瑕疵，監控公司的異動，防止公司結合兩者，則能夠充分實現上海公司注冊的保障相對人交易安全的功能。