瑕疵上海公司注冊，是指因登記申請人故意或過失提供公司虛假信息，或者因登記機關存在故意或過失履職行為而完成的不真實的上海公司注冊。瑕疵上海公司注冊包括公司虛假登記和登記機關錯誤登于瑕疵上海公司注冊，在被依法撤銷或更正之前，根據外觀主義原則，仍然應堅持其公示性和公信力，即推定有瑕疵的登記無瑕疵，善意第三人信賴登記而與公司發生的交易，應當受到法律的保護。但畢竟瑕疵登記是不真實的登記，登記當事人對于登記的瑕疵存在過錯。因此，對于瑕疵上海公司注冊的對抗力則應區分析。就公司虛假登記而言，因登記申請人存在故意或過失，違反了上海公司注冊法律所規定的真實申報信息喲義務，故公司理當承擔瑕疵登記的不利后果。具體來說，登記公司不得以登記事頃的不實對抗善意第三人。對此，大陸法國家的上海公司注冊立法均給予了肯定。如日本《商法典》第14條規定：“因故意或過失而登記不實事項者，不得以該事項的不實對抗善意第三人。”韓《商法典》第39條亦明確規定：“因故意或者過失進行不符實的事項的登記者，不得以此對抗善意第三人。”但對于惡意第三人呢？從日、韓等國的立法看，似乎是可以對抗。筆者以常，雖然第三人存在“惡意”，但登記申請人不僅存在“惡意”，而且違反法律，其性質更為嚴重。從懲罰惡意違法，促使依法登記，保障上海公司注冊的效能的角度出發，應當規定公司亦不得以登記的不實對抗惡意第三人。另外，根據“禁反言”規則，在公司虛假登記的情況下，還應當禁止公司在虛假信息之外再以真實息對抗第三人，無論第三人是否為善意。就登記機關錯誤登記而言，雖然公司并無直接的過錯，而是由于登記機關的過錯，但基于上海公司注冊的公信力要求和對善意第三人外觀信賴利益的保護，公司仍然不得以登記事項的不實對抗善意第三人。不過，對惡意第三人，由于其已知或應知錯誤登記事項，則不應提供保護，因而公司可以以登記事項的不實對抗惡意第三人。

論及瑕疵注冊上海公司的效力時，還有一個問題需要探討，即善意交易第三人在知道瑕疵上海公司注冊后是否可以以不實登記而主張撤銷其交易行為。；這實際上要回答的是善意第三人是否可以”的問題。對此，各國立法未見明確規定。依筆者所見，美法上的“禁反言”規則應當公平適用于雙方當事人。即對予虛假登記的公司應當禁止其反言，對于交易的另一方當事人，使其為善意的，也應當禁其反言。亦即，筆者主張，在瑕疵公登記的情況下，善意交易第三人因信賴瑕疵登記與登記公司進行交易，其后不得再以登記不實為由請求撤銷其與公司的交易行為。這仍然是上海公司注冊的公示性和公信力的要求和體現。因為一面上海代理注冊公司具有公示性和公信力，另一方面，上海公司注冊公信力主要功能在于保護善意第三人對登記的外觀信賴利益，也僅僅只應保護善意第三人對登記的外觀信賴利益，而不應允許善意第人隨意進行選擇。否則，不僅有損上海公司注冊的公示性和公信，還會損及交易關系的穩定和安全。或許有人會說，在合同法，當事人一方在訂立合同時有欺詐行為的，另一方可以請求撤銷合同，以此推之，在瑕疵上海公司注冊情況下，亦應允許善意第三人撤銷其基于瑕疵登記而與登記公司進行的交易。筆者認為這一由是不充分的。表面上看，公司瑕疵登記亦具有對交易對方的，欺詐之嫌，但與直接的合同交易中的欺詐相比，兩者是存在區的，區別主要在于，合同交易中的欺詐是一方對另一方的直接欺詐，而瑕疵上海公司注冊的欺詐是間接欺詐，其間經過了上海公司注冊制度的作用，必須受到上海代理公司注冊公信效力的影響。那么，如何保護善意第三人的利益呢？答案是仍然由上海公司注冊的公信力對善意第人提供保護，即善意第三人雖然不能請求撤銷與登記公司的、，但仍然有權要求登記公司按照已經登記的狀況履行對善意第三人的義務，法律應當對善意第三人的此種要求予以保護。