個人獨資企業和合伙企業投資者的生產、經營所得尋應納的個人所得稅稅款，按年計算，分月或者分季度預繳，由投資者在每月或者每季度終了后15天以內預繳，年度終了后3個月以內匯算清繳，多退少補。
個人獨資企業和合伙企業在年度中間合并、分立、終止的時候，投資者應當自停止生產、經營之日起60天以內向稅務機關辦理當期個人所得稅匯算清繳。
人獨資企業和合伙企業投資者應當向企業實際經營管理所在稅務機關申報繳納個人所得稅。投資者從合伙企業取得的生產、營所得，證實際經營管理所在地稅稅務機關申報繳投資者應納的個人所得稅，并將個人所得稅申報表抄送投資著。
投資者興辦兩個以上企業的，應當分別向企業實際經營管理所在地稅務機關預繳個人所得稅稅款；年度終了后辦理匯算清繳的時候，區別不同情況分別處理：
者興辦的企業全部是個人獨資性質的，分別向各企業的實際經營管理所在地稅務機關辦理年度納稅申報。并按照所有企業的經營所得總額確定適用稅率，以本企業的經營所得為基礎，計算應繳個人所得稅稅款，辦理匯算清繳。具體計算方法是：先匯總投資者興辦的所有企業的經營所得作為應納稅所得額，依此計算出全部經營所得的應納稅額；再根據每個企業的經營所得占所有企業的經營所得的比例，分別計算每個企業的應納稅額和應補繳稅額。計算公式如下：
全部應納稅所得額=各個企業的經營所得之和
全部應納稅額=全部應納稅所得額×稅率-速算扣除數
本企業應納稅額=全部應納稅額×本企業的經營所得÷各個企業的經營所得之和
本企業應補繳稅額=本企業應納稅額-本企業預繳稅額
二、投資者興辦的企業中含有合伙性質的，投資者應當向經常居住地稅務機關申報繳納個人所得稅，辦理匯算清繳。經常居住地其興辦企業的經營管理所在地不一致的，應當選定其參與興辦的某一合伙企業的經營管理所在地為辦理年度匯算清繳所在地，并在5年以內不得變更。