稽查局應當在所屬稅務局的征收管理范圍以內實施稅務稽查。規定以外的稅收違法行為，由違法行為發生地或者發現地的稽查局查處。稅收法律、行政法規和國家稅務總局對稅務稽查管轄另有規定的，從其規定。稅務稽查管轄有爭議的，由爭議各方本著有利于案件查處的原則逐級協商解決，協商一致的，報請共同的上級稅務機關協調或者決定。
省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局稽查局、地方稅務局稽查局可以充分利用稅源管理和稅收違法情況分析成果，結合本地實際，按照下列標準在管轄區域范圍以內實施分級分類稽查：納稅人生產、經營規模，分行業、分稅種的稅負水平；稅收違法行為發生頻度和輕重程度；稅收違法案件復雜程納稅人產權狀況、組織體系構成；其他合理的分類標準。
分級分類稽查應當結合稅收違法案件查處、稅收專項檢查、稅收專項整治等相關工作統籌確定。
級稽查局可以根據稅收違法案件性質、復雜程度、查處難度和社會影響等，組織查處或者直接查處管轄區域以內發；生的稅收違法案件；下級稽查局查處重大稅收違法案件有困難的，可以報請上級稽查局查處。