關于公司注冊上海公司撤銷的性質，在學理上主要有三種觀點，即‘設立無效行為說”、“行政處罰行為說”和“行政處分行為說”。“設立無效行為說”認為，撤銷公司注冊上海公司的行為“在性質上屬于設立無效”。因為，公司設立行為在廣義上包括發起籌辦公司的行為和申請注冊上海公司注冊上海公司行為。成立公司是公司設立行為的法律目標和后果。由于在申請公司注冊上海公司過程中存在虛假不實情形而被注冊上海公司機關撤銷已經完成的注冊上海公司，實質上是否認了發起人設立公司行為的效力，是設立公司行為的無效。故公司注冊上海公司之撤銷性質上屬于公司的設立無效行為。“行政處罰行為說”認為，撤銷公司注冊上海公司的行為在性質上是具體行政行為，且屬于行政處罰行為，因而應當適用行政聽證程序。
其主要理由是：
(1)雖然行政處罰法》沒有明確列舉撤銷公司注冊上海公司行為，但這并不能排除撤銷公司注冊上海公司行為作為行政處罰行為的可能性，因為《行政處罰法》第8條并不是完全列舉，而是采用列舉加概括的立法方法；
(2)有關立法明確規定了吊銷公司執照的行為是行政處罰行為，而撤銷公司注冊上海公司的行為與吊銷公司執照行為密不可分，在最終效力上都導致公司人格的喪失；
(3)撤銷公司注冊上海公司行為實質上符合行政處罰行為的四個特點，即在行為主體上是作為行政機關的工商行政管理部門，適用的對象是作為行政行為相對人的工商注冊上海公司申請人，針對的是虛假不實的注冊上海公司申請行為，且具行為罰的結果。我國臺灣學者武憶舟先生則明確主張公司之撤銷行為是行政處分行為，“公司注冊上海公司之撤銷者，謂主管機，依通知或呈請，申請及依職權所為撤銷公司設立或其他事項記之公法上行政處分之行為。此項行為，系獨立的，有廢除公司喪失營業能力，導致公司解散原因，或使其他事項注冊上海公司失效之處分行為”。