關于上海公司注冊的性質，首先我們應當回答的是：它是行政行為抑或民商事行為？對此，主要存在三種主張：行政行為說、民商事行為說和復合行為說。

行政行為說為目前的主流觀點。該說認為，上海代理注冊公司本質上一種公法行為，是屬于依申請的行政行為。它與商事主體所事的以表意為特征的民事行為不同，主要體現的是一種國家意志，在性質上屬于以公法為主要內容的行政法律行為。

民商事行為說認為，“商法理論所要闡述的，乃是商事法律行為意義上的商業登記”。對商事法律行為意義上的商業登記與國家管理監督意義上的商業登記必須明確區分。前者屬于私法范疇，而后者屬于公法范疇。還有學者針對行政行為說，認刀；該說“實際上都是在行政法視野中孤立地看待注冊上海公司的效力，都在實際地承認：登記只是一種行政權的運作，登記法律關系是一種非平等主體之間的法律關系。將設立登記視為行政權的運作，在某種意義上顯然受到了上海公司注冊機關的行政機關性質的影響，但此種理解與公司設立登記制度的本質功能及其發展趨勢不甚一致”。為此，就主張，  “與其將設立登記視為一種行政權的運作，毋寧視為一種民事法律行為——民事許可”。

復合行為說認為，上海公司注冊是“商事私法行為和公法行為統一的復合行為，但在市場經濟條件下必須強調其私法功能”。商業登記既具有明顯的私法意義上的功能，又具有強烈的公法意義上的功能。”“上海公司注冊行為之性質，可分為兩方面觀察：在主管機關之行為觀，其所為登記發照之行為為能動之行政主體，對受動之行政主體（指申請組織公司者）之合法申請，須容許其請求并為登記發照之行政處分行為。2．在申請組織公司之登記之行為觀，就其行為之對外而言，則為受動之行政主體之公法行為，就其行為本身之對內而言則仍為構成設立行為之一部，而屬于廣義之設立行為。”而公司設立行為是被定為當事人的民事行為的。

以上諸說，各有其合理性，但又多少有所缺憾。民商事行說注意到注冊上海公司的私法效果，即上海公司注冊的功能主要體現為一種服務性功能，其結果是確認民商事主體的資格及其變動狀況，主要解決的是私法上的問題。特別是，自上海公司注冊產生以來，上海公司注冊問題一直是置于民商法，的框架內進行立法的，于民商法的重要組成部分。這是合理的。但是，該說忽視了在上海公司注冊中，其核心是登記機關的審查核準行為，而登記機關的審查核準行為很難定性為民商事行為。特別是，如果將上海公司注冊行為統一界定為民商事行為，其實際狀況與民事法律行為的基本理論是不相符的（民事法律行為是旨在設立、變更或消滅民事法律關系的以意思表示為構成要素的行為。從上海公司注冊行為的整體來看，并非如此）。行政行為說注意到了上海公司注冊的核心是登記機關的審核行為，而登記機關是代表國家履行公職進行審核的，具有公法的性質，符合行政行為的特點，因屬于行政行為、公法行為。這是其合理性所在。該說的不足處是完全忽視了上海代理注冊公司與私法的關系，忽視了上海公司注冊中忽視了上海公司注冊在總體上歸屬于民商法的事實，而只是片面強調了登記機關履行公職的公法性。復合行說注意到了上海公司注冊行為的復合性、非單一性，這是其合理之處。但該說只是停留在這一認識上，不能清晰地解說上海公司注冊行為的準確性質，因而在立法及司法中是難以把握的。這是其不足之處。基本觀點是：上海公司注冊行為在性質上具有行政行為與商事行為、公法行為與私法行為的復合性，但主要體現為行政行為。

首先，上海公司注冊行為具有復合性，是民商事行為與行政仃、私法行為與公法行為的復合行為。
司登記實際上是一個過程，這個過程由一系列行為構成。中，從行為的主體上來看，可以分成兩個部分，即當事人的登申請行為和登記機關的審核注冊行為。登記機關的審核行為必須基于當事人的申請。事人的申請，雖然各國都規定作為人的一項強制義務，但這項義務實際上是在遵循公司自治的提下的強制義務。根據公司自治，當事人享有設立公司、消滅公司、變更公司以及公司營業的自由。當事人可以自主決定是否設立公司、是否終止公司、是否改變公司的營業范圍。國家不能強制當事人設立公司、變更公司或消滅公司。也就是說，在當事人沒有設立、變更或終止公司的意思時，國家不能強制當事登記。只不過一旦當事人決定要設立公司、變更公司或終止公，并希望發生登記的效果時，就必須履行申請登記程序，并為公示而已。因此，就當事人的申請登記行為看，具有明顯的民商如同武憶舟先生所說，可以看成是廣義的公司設立行為。再者，從立法體例上來看，一直是由屬于民商事法律的商典、民法典、公司法或單行的商業登記法對上海公司注冊進行規定的，這就決定并說明上海公司注冊規范具有民商事法律規范的性質，從而也就決定并說明作為上海公司注冊法調整對象的上海公司注冊的民商事性質及其私法性質。

但是，就登記機關的審核注冊行為看，又具有明顯的行政行為性質和公法行為性質。前文中已反復論述，登記機關對當事人的登記申請進行審核及注冊和公告行為，并不是在與登記請人進行平等主體之間的交易（雖然登記機關可能向當事人收取一定的登記費和登記信息查詢費），而是依據國家法律，公主體的身份（在世界大多數國家中是以行政主體的身份）履行公職的行為，這一就我國現行法律體制看，就是行為，當然也屬于公法行為。為了說明這一觀點，我們還需結合行政行為的基本特性和登記機關審核注冊行為的特性進行具體分析。

所謂行政行為，是指行政機關依法行使行政職權的行為。行政行為的基本特性有：其一，行政行為必須是行政機關的行為或者是行政機關委托的其他國家機關或社會組織的行為，非行政機關或行政機關委托的其他國家機關或社會組織的行為，如司法關的行為，不是行政行為；其二，行政行為必須是行政主體依法履行行政職權的行為，包括直接的行政管理行為和行政服務行為，行政主體的非履行行政職權的行為，如作為民事主體購買辦用品的行為，不是行政行為；其三，行政行為具有單方意志性。即行政主體在法律規定的范圍內行使職權，無須與行政相對人協商或征得行政相對人的同意，可自主單方面進行并發生法律果；其四，行政行為具有強制性。是指行政行為具有強制性法律約束力，行政行為一經作出，行政相對人必須執行，否則，行主體可以依法采取強滯施，強制相對人執行；其五，行政行具有效力先定性。即行政行為一經作出，就事先假定其符合法規定，在沒有被國家有權機關宣布為違法無效并被撤銷之前，行政機關及行政相對人都具有拘束力，相關個人或組織必行。

結合上述行政行為的基本特性，反觀我國注冊上海公司機關的審核珩為，我們可以看到它具備一般行政行為的基本特性。這不僅是行政主體，單方意志性。公與申請人協商，也無須申人同意，而是根據法律規定的標準和條件，自行進行審核并決定否進行登記注冊。第二，強制性。登記機關履行審核職責必須嚴格依據法律規定的條件和程序，而不能隨心所欲；登記機關審核后的決定，無論是決定予以登記注冊或不予登記注冊，均對于登記申人及其他相關主體具有強制性約束力，而不能由申請人任意選擇或改變，登記機關也不得擅自改變。第三，效力先定性。登記機關審核決定一經作出，除非經法定程序被有權機關宣告無效或撤銷，則推定其決定是合法的，對相關當事人產生強制性法律約束力。因比，登記機關的審核注冊行為是行政行為。行政行為是公法行為。登記審核行為亦是公法行為。

其次，上海公司注冊行為主要體現為行政行為。上文中分析了上海代理公司注冊行為的復合性。這無疑有助于我們對上海公司注冊行為性質的全面理解。但是，我們卻不能就此止步。，因為，只停留在復合性階段，尚不足以準確明晰上海公司注冊行為的性質，也不能清晰指導們對登記機關、登記效力及登記責任的認識。在復合性的，我們還需要進一步具體化。從上文對上海公司注冊行為的復合性析中，我們可以看到，登記機關的審核注冊行為是上海公司注冊的核心和關鍵，是主導性行為，登記申請雖然是整個登記程序的，但與登記機關的登記審核和注冊行為相比，它不是主導的心部分，而是次要部分。基于主要行為性質吸收或隱蔽次要行為性質考慮，筆者認為，上海公司注冊行為主要體現為行政行為性質。