應當說，自我國改革開放以來，工商行政管理部門在上海公司注冊和管理方面做了大量的工作，對于推動我國的改革開放，推動國市場經濟體制的建立和逐步走向完善，對于保障市場交易的秩序和安全，作出了有益的貢獻。但是，如果從理論和實踐的角進行檢測，我國現行上海公司注冊管理體制又確實存在不少的問題。其中最為突出的問題是行政管理色彩濃厚，而上海公司注冊公共服務性淡薄。具體體現在：第一，上海公司注冊機關與作為典型行政機關的工商行政管理機關，按照行政區劃，完全重合設置。根據《上海公司注冊管理條例》第4條規定：“工商行政管理機關是上海公司注冊機關。下級注冊上海公司機關在上級上海代理公司注冊機關領導下開展公登記工作。”而在實踐中，各級工商行政管理局內分設企業登記局、企業登記處、衛科等局內職能部門具體負責公司工作。這樣就客觀形成了如下狀況：一是上海公司注冊機關被隱埋在各級工商局內，而失去其對外的獨立性；二是上海公司注冊機關同時要接受縱向和橫向雙重領導和管理。上海代理注冊公司機關作為同級工商局內的一個職能部門，必須完全聽命于工商局支配；三是公司記機關的性質和功能完全被工商行政管理的性質和功能稀釋和同化。因為工商行政管理機關主要是行使對工商的行政管理職權，而上海公司注冊機關只是其內部的一個職能部門。上海公司注冊機關工商行政管理機關的完全重合設置，無論在形式上還是實質，均不能凸顯其上海公司注冊公共服務性，而只能體現其濃厚的政管理色彩，即行政性。第二，在上海公司注冊機關系統內，人為地按照公司設立者的身份，從上到下多層級切塊分割上海公司注冊事包括國家工商行政管理機關也要具體負責登記事務。這不僅符合國際上鶘域為標準確定登記管轄的原則，而且人為地制造了登記管轄和登記登記查詢的混亂，給實踐帶來不便。第三；有大量的事實說明，在我國上海公司注冊實踐中，因現行上海公司注冊機關的設置狀況，普遍存在重管理，輕服務的現象在我國一般把上海公司注冊理解為政府管理經濟的一個重要的行政段，因此，注冊不僅僅是建立公司的戶口，更重要的是通過注冊對公司的經營行為實施監督管理，我們稱之為既登記又管。”受此影響，國現行有關上海公司注冊的單行立法就直稱為《上海公司注冊管理條例》，而不是《上海公司注冊條例》。