我國上海公司注冊機關的選擇與設置所存在的問題，引起了學者的非議。有人提出改采法院主管模式，由法院主管上海公司注冊事務。甚至也有人提出可以考慮由商會主管上海公司注冊事務。筆者的基本觀點是：雖然我國現行上海代理公司注冊機關的構置及其實踐存在若關主管模式是相對較為適合的，法院主管模式和商會主管模式均不太適合我國。
由商會組織主管上海公司注冊事務，雖然有其優勢，如它符合“苗條國家”的需要，它有利于克服行政公權對私權的侵蝕。是，商會主管也存在其致命的弱點，主要緣于商會不是國家機，不能保障注冊上海公司機關選擇和設置的權威和統一的原則要，勢必影響商會組織進行上海公司注冊的效；率和質量。正灸前文所主管模式。即使在德國發生了工行會與法院的管轄權之爭，但也并不能充分說明行會主管的合理性、科學性。