法院主管模式存在其相應的弊端，主要表現為：第一，我國各級法院目前承擔著繁重的審判任務，如果再將上海公司注冊甚至其他商事登記都交給法院主管，則法院將不堪重負，法院很難旺，特別是在堅持實質審到下，很難要求法院保證實查的質量。不否可能影響法院其他審判工作的質量。在德國商事這是要將商事登記主管權移交給商行會的重要理由之飛院是國家司法權的行使者，擔負著裁決是非、處理糾紛的定紛止爭的重任。如果由法院主管上海公司注冊，假若登記申請人或第三人對上海公司注冊存在異議，則尚需法院裁決是非。如提，就可能形成悖論：法院自己裁決自己的是非。這是不符合司法權獨立和公正、客觀原則的。第三，院作為上海公司注冊主管機關，如果其登記人員因故意或過失造成登記不實，則法院及其登記人員依法應承擔相應法律責任。如此，又存在兩個問題：3法院追究法院的責任是困難的；另一個是即使追究了登記法院的責任，勢必影響法院的權威性，從而影響法律的權威性。這是得不償失的。第四，雖然我們一再強調上海代理注冊公司的公共服務功能，但客觀地說，注冊上海公司難免要負載登記管理的功能，即使在西方國家也是如此。這一功能的體現和實，法院顯然不及行政機關。第五，法院和工商行政管理機關都國家機關。將上海代理公司注冊主管權轉交法院，也不能解決“苗條國家”的問題。