反思我國現行有關注冊上海公司的立法與實踐，我們以為至少存在以下幾個弊端：
其一，中央注冊上海公司機關具體管鄉轄公司登事務，不僅偏離了中央注冊上海公司機關的職能定位，容易使其陷入具體的注冊上海公司事務而疏廢了其應有職責（中央登記機關要應負責進行業務培訓、業務指導、政策協調、省級企業登中心關系協調以及根據委托進行有關規范性文件的起草，不責具體企業登記事務），丕有可能由于利益關系，妨礙其科學決策和公正、有效監督。
其二，多層級的地方登記管轄，由于利益關系，很容易形成以行政區劃為基礎的注冊上海公司地方保護，使注冊上海公司淪為地方利益保護的工具與手段。
其三，執行屬人標準，區分國家投資與地方投資、內資與外資、有投資與民有投資，因人而異地確定登記管轄，對申請人有公平，違反了法律的平等原則。不僅如此，其中區分外商投資企業與內資企業己管轄，還有違WTO所要求的國民待遇原則。