在真實性審查的基礎上，注冊機關還必須審查注冊申請的合法性。主要是根據申請人提供的文件、材料，對照《公司法》規定的公司設立、變更和注銷必須符合的條件進行審查。就設立注冊來說，合法性審查的項目主要是：股東或發起人是否符合《公司法》規定的設立有限責任公司和股份有限乏公司的要求；驗資報告顯示的注冊資本是否符合公司章程的規定并是否符合法定最低注冊資本限額；公司名稱的選擇是否符合《公司注冊管理條例》及《公司名稱注冊管理規定》的要求；法律、規規定必須經過政府部門批準的，是否獲得政府部門的批準；公司章程是否符合《公司法》的規定等。就變更注冊來說，合法性審查的主要項目是：公司作出的變更公司住所、注冊資本、公司名稱、營業范圍等重大事項的決議或決定是否符合《公司法》規定的形式、參加人員構成、表決的比例、主管部門的芋準等要求；公司是否及時修改了公司章程等。就注銷注冊來說，合法性審查的主要內容是公司終止的決議、決定是否合法、是否，合符公司章程的規定；公司是否進行合法清算，是否合法地進行公司債務的清償等。

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