新古典經(jīng)濟學企業(yè)理論存在很多缺陷。首先，同古典廠商理論一樣，新古典經(jīng)濟學企業(yè)理論也沒有探討企業(yè)產(chǎn)生的原因，而只是把企業(yè)默認為一種外生的客觀存在。其次，新古典經(jīng)濟學企業(yè)理論強調企業(yè)的生功能，因此又被稱為生產(chǎn)理論。新古典經(jīng)濟學企業(yè)理論對企業(yè)的過分抽象剝離了現(xiàn)代企業(yè)除生產(chǎn)之外的其他功能，同時也忽視了企業(yè)內部的組織關系，這些不足直接導致該理論遠遠脫離現(xiàn)代企業(yè)的存在狀態(tài)。最后，新古經(jīng)濟學企業(yè)理論的所有分析都是建立在眾多苛刻的假設基礎上的，如經(jīng)濟人”假設、完全信息假設等。只有當這些假設都得到逐一滿足時，市才實現(xiàn)均衡，任何一個假設一旦得不到滿足，這一理論體系就是完全無效的。由此可見，看似縝密的數(shù)學推導和計算結果都禁不起現(xiàn)實的推敲。

因此，新古典經(jīng)濟學關于企業(yè)的“黑箱”理論雖然一度成為微觀經(jīng)濟學的主流思想，但是嚴格苛刻的假設條件和論證過程使其理論偏離現(xiàn)實較遠，而且該理論并沒有深人探究企業(yè)的本質。正是新古典經(jīng)濟學企業(yè)理論的這些不足，激勵著眾多經(jīng)濟學家不斷質疑和反思，才促成了企業(yè)理論的完善和發(fā)展。