新制度經濟學這一概念最早由威廉姆森在20世紀70年代正式提，但新制度經濟學企業理論的起源應該追溯到1937年科斯( RonaldCoase)《企業的性質》一文的發表，后經威廉姆森等眾多經濟學家的不斷豐富與發展，逐漸得到完善。
新制度經濟學關于企業理論的論述可以通過3個重要的理論分支進行說明：1．交易費用經濟學。2．產權理論。3．委托——代理理論(Principal-agent Theory)。
總的來說，新制度經濟學企業理論較新古典經濟學企業理論的進步之處在于：①打破了新古典經濟學企業理論中企業作為既定外生變量的假設基礎，從交易費用的角度創造性地解釋了企業的本質；②改變了新古經濟學企業理論非契約的分析方法，把我們在日常經濟生活中熟悉的制度、環境等因素納入分析框架中，使原有模型更加貼近現實；③糾正了新古典經濟學企業理論的“黑箱”，開始注重企業內部組織關系的分析，企業理論的研究范圍得到進一步拓展；④提出了更貼近現實的理論假設，如有限理性、機會主義和效用最大化等。